ついに、宝太郎や九堂りんねたちが、富良洲高校を卒業する日がやってきた。学園生活や、錬金アカデミーでのかけがえのない思い出を胸に、彼らは卒業式を終え、新たなる道へと向かっていく……はずだった。突然、同じ時間が繰り返し流れ、宝太郎たちは、そのループから抜け出せなくなってしまう。この状況を認識しているのは、なぜか黒鋼スパナただひとり。異常な現象が発生した理由は、いったい何か。時間の流れを操っているのは未知のケミーなのか、それとも？やがてスパナが、そして宝太郎たちが辿り着いた、驚愕の真相とは!?