故事发生在化身“江户川柯南”的前夕——高中生侦探工藤新一正与青梅竹马毛利兰同游米花水族馆。此行的真正目的，是为实施让分居中的兰的父母——毛利小五郎与妃英理破镜重圆的“水族馆惊喜重逢恋爱复活大作战”进行事前勘察。然而欢乐时光戛然而止。当察觉到人群尽头弥漫的异常气息，新一立刻断定发生命案，急忙让兰呼叫工作人员。面对兰“明明没听到尖叫为何能察觉案件”的疑问，新一沉声答道：“是血腥味……”此刻，这位绯色高中生侦探即将循着血味直抵现场，调动全部感官锁定真凶！而案件背后，竟暗藏着通往那场宿命邂逅的“第二次勘察”……！？