长谷川平藏携手同心木村忠吾，为祭拜父亲宣雄之墓，时隔十六年再访京都。归途中，他们救下被恶徒追赶、沉默寡言的少女阿米。平藏将她托付给旧识、京都西町奉行所与力浦部彦太郎后，准备前往奈良，不料阿米突然请求同行。原来她曾在大阪旅馆“出云屋”做工，而其主人暗藏不为人知的黑暗面。随着平藏一行启程，盗贼首领高津玄丹的魔爪也悄然逼近。